Généralement, l’air comprimé est purifié à l’aide d’un ensemble de plusieurs filtres (de grossier à fin). Cela permet d’augmenter considérablement le temps de service des différents fitlres. Le premier niveau de filtration est habituellement un séparateur cyclonique ou un préfiltre servant à éliminer les salissures grossières et les gouttes d’eau. Il est suivi d’un microfiltre ou sous-microfiltre, qui filtre également les aérosols à base d'huile ou d’eau. Pour pouvoir filtrer aussi les vapeurs d’huiles présentes dans l’air comprimé, un filtre à charbon actif peut être ajouté en aval du sous-microfiltre. Les exigences de l’application déterminent la combinaison de filtre à utiliser à l’endroit respectif.